Poháněný živými vzpomínkami dávno mrtvé protosské opatrovatelky a pronásledovaný nenasytnými zergy Královny čepelí, vydává se archeolog Jake Ramsey na nebezpečnou výpravu na legendární domovský svět protossů Aiur. Hledá tam životně důležitou protosskou technologii, Aiur však nachází obsazený zergy. Přesto musí sestoupit do stínového labyrintu pod povrchem a nalézt tam posvátný krystal dřív, než mu vyprší čas - jemu i celému vesmíru. To, co Jake objeví pod povrchem Aiuru, však překoná i jeho nejdivočejší noční můry. V jeskyních se skrývá Ulrezaj - archon sestávající se ze sedmi nejsmrtonosnějších a nejmocnějších temných templářů v historii.